W nowej odsłonie Deep State: Tajny Układ poznamy kulisy niejasnych układów i zasady działania tajnych machinacji.  Po fiasku operacji na Bliskim Wschodzie uwagę ludzi trzymających władzę skupiają bogate złoża surowców naturalnych w krajach biednej Afryki Subsaharyjskiej. Trwa pierwsza brudna wojna o czystą energię. Dowiemy się również więcej na temat życia poznanych w pierwszym sezonie bohaterów, będziemy świadkami wielkiego upadku jednego z nich, a także spisku, którego inspiratorzy chcą przedstawić pewną osobę w oczach Zachodu jako niebezpiecznego terrorystę. W zasadzce w Mali ginie czworo agentów amerykańskich sił specjalnych oraz ich tłumaczka (Aicha Konate). Opóźnia to dopełnienie umowy między Waszyngtonem a malijskim rządem, dzięki której tak zwany tajny układ może znacznie zyskać. By naprawić sytuację, na front zostaje wysłany jeden z agentów, Natan Miller (Walton Goggins), człowiek rozdarty między rodziną a służbowym obowiązkiem. Jednak gdy republikańska senator Meaghan Sillivan (Victoria Hamilton) zwęszy dziwny spisek związany ze śmiercią agentów, sprawy jeszcze bardziej się skomplikują…